Родился 1.6.1950 в селе Ефимовка Андреевского района Оренбургской области в семье крестьянина. Русский. Член КПСС с 1974. В 1967 окончил 10 классов.

В Советской Армии с 1969. В 1973 окончил Армавирское высшее военно-авиационное училище летчиков ПВО. В 1985 без отрыва от основной работы окончил Московский авиационный институт.

С 1988 — в отряде космонавтов, космонавт-испытатель отряда космонавтов Центра подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина.

Командир экипажа космического корабля подполковник Манаков 1.8—10.12.90 осуществил успешный полет на орбитальном научно-исследовательском комплексе «Мир». В ходе полета была выполнена программа очередного этапа эксплуатации постоянно действующего пилотируемого комплекса. Получены новые результаты исследований в интересах фундаментальных наук и практического использования в различных областях народного хозяйства.

Звание Героя Советского Союза присвоено 10.12.90.

Летчик-космонавт СССР (10.12.90), командир группы отряда космонавтов.

Полковник Манаков живет в Звездном городке Щелковского района Московской области.

Награжден орденом Ленина, медалями.