Родился 12.02.1917 в поселке Верхняя Санарка ныне Пластовского горсовета Челябинской области в семье крестьянина. Русский. Член КПСС с 1942. Окончил 3 курса педагогического техникума в городе Миасс. Работал учителем.

В Советской Армии с 1936. В 1938 окончил Качинскую военно-авиационную школу пилотов.

На фронтах Великой Отечественной войны с июня 1942.

Заместитель командира эскадрильи 32-го гвардейского истребительного авиационного полка (3-я гвардейская истребительная авиационная дивизия, 1-й гвардейский истребительный авиационный корпус, 15-я воздушная армия, Брянский фронт) гвардии капитан Шишкин к августу 1943 совершил 132 боевых вылета, в 67 воздушных боях лично сбил 14 самолетов противника.

Звание Героя Советского Союза присвоено 28.9.43.

После войны продолжал службу в ВВС.

Награжден 2 орденами Ленина, 3 орденами Красного Знамени, орденами Александра Невского, Отечественной войны 2 степени, медалями.

Полковник Шишкин погиб в авиационной катастрофе 21.7.1949.

Похоронен в пгт Кубинка Московской области.

Именем Героя названа школа, где он учился. В городе Пласт установлее бюст.