Родился 27.7.1946 в поселке колхоза имени 1 Мая Каркаралинского района Карагандинской области в семье крестьянина. Казах. Член КПСС с 1974. В 1965 окончил 11 классов школы рабочей молодежи. Работал токарем на литейно-механическом заводе в городе Темиртау Карагандинской области.

В Советской Армии с сентября 1965. В 1969 окончил Армавирское высшее военно-авиационное училище летчиков войск ПВО страны.

С января 1975 — майор Аубакиров в запасе. В 1976 окончил школу летчиков-испытателей Министерства авиационной промышленности, в 1979 — Московский авиационный институт.

За мужество и героизм, проявленные при испытании новой авиационной техники, летчику-испытателю Аубакирову 31.10.88 присвоено звание Героя Советского Союза.

2 —10.10.91 совершил космический полет на орбитальном научно-исследовательском комплексе «Мир». Летчик-космонавт СССР (10.10.91).

Летчик-испытатель полковник Аубакиров с 1992 заместитель председателя ГКО Казахстана.

Награжден орденами Ленина, Октябрьской Революции, «Знак Почета», медалями.